La historia inicia cuando un alto mago de la dinastía del faraón egipcio llamado Heishin halla por accidente el tesoro de las ruinas prohibidas; este mago es malvado y sabe que según los antiguos sabios al hacer el conjuro e invocar al señor de la oscuridad él tendría el poder de dominar el mundo. El jugador está representado en la historia por el príncipe egipcio; a él le gusta salir como persona normal a jugar Duelo de monstruos, el cual consiste en eliminar todos los puntos de vida del oponente usando unas cartas que contienen la esencia de un monstruo.
